После судьбоносного сражения у Аннигилятора, где Командору удается одолеть боевую оболочку Доминиона, Доминион восстанавливает себя из резервной копии. Он признает, что не способен победить Командора и подвергнуть его цифрации в Гегемона-05. В свою очередь, он указывает на то, что Командор может уничтожать только боевые оболочки Доминиона, но не его сознание, которое находится в информационной паутине всей планеты. Поэтому Командор и Доминион заключают мировое соглашение: Командор оставляет попытки уничтожить Доминиона, а тот приостанавливает действие Директивы уничтожения всего и не сбивает следующий корабль с Земли, который, как ожидает Командор, должен прибыть в ближайшее время и поможет спастись всем оставшимся на Утопии людям.
Предположение Командора оказывается верным. Доминион действительно фиксирует появление корабля Земной Федерации на орбите Утопии и, следуя соглашению, даёт ему возможность приземлиться.

Пока Командор выдвигается навстречу спасателям с Земли, Доминион пытается найти ошибку в своей математической модели, которая привела его к поражению в бою с Командором. Изначальное предположение, что расчетная модель (сценарий «Омега-3») не учитывала вмешательства Собирателей и передачи Командору Протоброни, оказалось неверным. После проверочных расчётов стало ясно, что этот фактор не мог повлиять на итоги боя. При всех возможных вероятностях столкновение Командора и боевой оболочки Доминиона должно было завершиться цифрацией командора в Гегемона-05, но никак не поражением. Поэтому Доминион начинает углубленный анализ происходящих событий и натыкается на некий «след», который не может быть формализован точными науками. Вычислительных мощностей Доминиона хватает только на то, чтобы увидеть намеки на его присутствие: совокупность ключевых событий на Утопии, их емкость и последствия идут с некоторым смещением относительно известной искусственному сверхинтеллекту математической парадигмы. Доминион делает вывод, что все события непонятным образом корректируются, и пытается предупредить об этом Командора.
Одновременно с этим в контакт с Командором вступают Собиратели. Они требуют уничтожить корабль с Земли, чтобы ни в коем случае не допустить его посадки. Однако объяснить своих мотивов не могут, поэтому вступают с Командором в открытое столкновение. Собиратели проигрывают бой, так как до этого отдали ему свое лучшее оружие для борьбы с Доминионом - Протоброню.
Командор достигает пункта назначения и встречает корабль с Земли…
…Но выходит из него не человек, а монструозное существо, называющее себя Архичеловеком. Оно требует от командора содействия в спасении Утопии через приобщение планеты к некоему «Ковчегу Архилюдей». Командор уничтожает монстра и с помощью Доминиона взламывает бортовые компьютеры прилетевшего корабля. Так он узнает ужасные новости об участи человечества, оставшегося на Земле:
ДОМИНИОН:
Согласно информации, хранившейся на бортовых компьютерах шаттла, на Земле возобновилась биологическая катастрофа, которая привела к поражению 100% населения вирусом Красной чумы.
КОМАНДОР:
Как?! Все люди на Земле погибли?
ДОМИНИОН:
Физической гибели не произошло, но и людьми они больше не являются. Вся человеческая популяция превратилась в мутантов, которых контролирует ментальная субстанция, называющая себя Тетраэгрегором.
КОМАНДОР:
Чёрт… Не могу в это поверить… Это точно?
ДОМИНИОН:
Нет оснований сомневаться в этой информации. Таким образом, выполнение моей главной директивы значительно упростилось. Теперь покончить с остатками людей не составит труда, но уничтожить Кси станет намного сложнее.
КОМАНДОР:
Разве есть связь между Красной чумой и Кси?
ДОМИНИОН:
К сожалению, есть…
ДОМИНИОН:
Мутант, или Архичеловек, как он сам себя идентифицирует, возник на Земле в результате комплекса сильнейших мутаций. Одна из них локализовала комбинацию генов, позволяющую организмам безопасно взаимодействовать с земной флорой.
КОМАНДОР:
Постой-постой… Хочешь сказать, это те гены, которых не хватает Кси, чтобы перестать бояться зелени? Теперь они собраны в готовый комплект?
ДОМИНИОН:
Именно так. Когда-то растительность спасла Землю от поглощения Кси. Секрет этой защиты был спрятан эволюцией в ДНК каждого земного организма. Мутация, вызванная вирусом, объединила эти гены в одну последовательность, которую Кси может увидеть и понять.
ДОМИНИОН:
Почему эти мутации не приводили к смерти, пока не ясно. Но могу предположить, что причина – в долгом инкубационном периоде Красной чумы, сказавшемся на силе мутаций и их летальности.
ДОМИНИОН:
Ведь второй вспышки инфекции на Земле не было. Вирус никуда не исчезал, всё это время он незаметно изменял человеческий организм.
ДОМИНИОН:
Судя по всему, Кси знал о происходящем на Земле. Когда ты оказался здесь, ты стал частью его плана. Это тот «след», влияние которого я смогла заметить в своих моделях вероятностей. Правда, слишком поздно.
Предположение Доминиона было верным. После разрушения реликтовых терраформаторов Кси начинает пробуждаться в недрах Утопии, куда его когда-то загнала древняя инопланетная раса Собирателей. Используя свои действительно выдающиеся способности, Кси узнает о появлении на Земле мутации, способной дать ему иммунитет против земной растительности. Понимая ценность этого генокода, Кси ищет способ получить его, не покидая пределы Утопии, чтобы не привлекать внимания Собирателей к своему пробуждению. Умея читать линии судеб и управлять низшими формами жизни, Кси в итоге создает план.
Исполнителем этого плана становится команда второй спасательной экспедиции, возглавляемая Командором. Кси предвидит, что этой экспедиции суждено пережить атаку Доминиона и достигнуть Утопии. Поэтому, когда Командор прибывает на планету, Кси вкладывает ему в голову миссию, целью которой является нейтрализация Доминиона, сбивающего все прилетающие на Утопию корабли. Таким образом Командор должен предотвратить уничтожение судна, на котором прибудет Архичеловек с необходимым Кси генокодом.
С искренней верой в свою миссию*, как единственно верную, Командор начинает осуществлять план Кси, в ходе которого ему суждено было победить Доминиона.
*О невыполнимости и самоубийственности этого плана Командору часто говорят люди, которых он встречает на Утопии. Например, небезызвестный Амбал (он же Винсент Голд). При встрече с Командором Амбал пытается воззвать к его разуму, но безрезультатно. Тогда Амбал начинает бой, но проигрывает из-за неявного вмешательства Кси. Это поражение было настолько неожиданным для Амбала, что уже после воскрешения в теле терминатора он тоже начинает верить в ложные идеалы Командора и важность его задачи.
Доминион и Собиратели, бывшие стражи Кси, также прибывшие на Утопию, слишком поздно разгадали план Кси и не смогли предотвратить спасение третьей экспедиции Командором.
Предчувствуя скорое освобождение Кси от связывающих оков терраформаторов, Доминион обращается к бывшему лидеру Красноликих – Амбалу, мозг которого продолжал жить* в теле одной из машин Черного Легиона. Доминион предлагает сделку, согласно которой сохраняет жизнь Командору и его отряду, несмотря на то, что Командор был, а возможно, и до сих пор остаётся, исполнителем воли Кси (что подтверждается получением им титула «Колесница Перемен» от одного из Избранных Кси). В обмен на это Амбал занимает место Гегемона-05 и возглавляет армию Доминиона.
*После того как Командор побеждает Амбала, Красноликие извлекают его мозг и помещают в корпус одного из терминаторов Черного Легиона. Эти машины были разработаны как сверхэффективное средство борьбы с доминаторами, хотя Командор и считает, что, создав их, Генерал Курбатов растерял последние остатки человечности и сам превратился в жалкое подобие Доминиона. Терминатор представляет собой тяжеловооруженную гусеничную машину, для управления которой используется живой мозг погибшего легионера. Большинство подвергшихся такой трансформации не выдерживает и сходит с ума, но разум Амбала сумел адаптироваться, и в симбиозе с машиной он осознал себя новой личностью. В этой форме бывший главарь Красноликих добился серьезных успехов и даже некоторое время путешествовал с отрядом Командора, приняв участие в решающем сражении с Доминионом у Аннигилятора.
Кси понимает, что в текущей диспозиции основную опасность представляют уже не Собиратели, а Доминион, особенно после вступления в союз с Амбалом. Ведь по теории Доминиона, именно человеческая натура, изначально безжалостная и воинственная, но в тоже время нескончаемо многогранная, хранит в себе потенциал для становления Иерархом воинского ремесла, фактическим Богом войны. Только человек может привести армию доминаторов к абсолютной победе и выполнению Директивы «Уничтожить все». Поэтому Кси использует свои возможности и материализует генерала Курбатова, но уже как часть себя, как своего Десницу, вместо принесенного в жертву Брата Тория. Искалеченный войной с доминаторами разум Курбатова требует продолжения сражений, поэтому он с великой радостью принимает уготованную ему роль, чтобы возглавить наступление против Доминиона и начать Последнюю Войну.
Курбатов и Амбал, непримиримые враги при жизни*, продолжают свое противостояние и после смерти, но уже как проявления абсолютно нового порядка и силы.
*Амбал, он же Винсент Голд, в прошлом – богатейший криминальный авторитет Земли. Именно при его поддержке Адам Круз решился на разработку передового вооружения под прикрытием строительства Грин-сити. На самом деле там создавалось оружие, которым с помощью пси-навыков смогли бы управлять только они с Голдом. Но Федерация Земли начала подозревать об истинных причинах «большой стройки» на Утопии и вместе с беженцами, спасавшимся от Красной чумы, отправила туда своего агента – генерала Курбатова. Тому удалось раскачать ситуацию и поднять бунт отчаявшихся переселенцев, чтобы вместе с толпой проникнуть в Грин-сити. Адам Круз понимал, что его обман раскроется, как только беженцы проникнут внутрь Грин-сити, и, чтобы избежать этого, отдал Доминиону самоубийственный и противоречивый приказ «уничтожить все». В результате Винсент Голд оказался заперт на разрушенной катаклизмом планете и, чтобы выжить, вынужден был стать тем, кого все знают как Амбала. Вместо мировой власти и богатства он получил под своё начало кучку одичавшего отребья и виновником всех своих несчастий считает генерала Курбатова.
Что касается Командора, то после уничтожения Архичеловека он понимает, что последние представители человеческой расы остались только на Утопии, а родная планета отныне заселена враждебными мутантами, называющими себя Архилюдьми. Командор решает вернуться на Землю, чтобы очистить её от мутантов и подготовить для нового заселения людьми. Он берёт с собой только Фидо, надеясь на то, что Протоброня и выдающиеся пси-способности помогут в выполнении задачи. Остальные члены команды переходят под начальство Матрёшки. Их задача – объединить банды Красноликих, собрать всех выживших на Утопии и защищать их до возвращения Командора.
Однако самым страшным откровением для Командора стало то, что с момента крушения «MOROSE» он был послушным инструментом Кси. Всё, что он делал, было запрограммировано чужой волей и являлось частью плана, который позволил Кси освободиться от гнета «зеленого проклятия». Получив генокод Архичеловека, Кси больше не боится земной форы – единственное оружие, которое смогли создать против него Собиратели, теперь бессильно. «Пожирателя миров» уже ничто не сможет остановить. Отныне поглощение Утопии, а затем и остальных миров – всего лишь дело времени. Кси скоро продолжит процесс галактического масштаба, который его приверженцы из числа людей осознают как «Великое слияние».
Послесловие, или «Стали бы раковые клетки жить, если бы осознали, что они раковые клетки?»
Каждая сущность стремится существовать – это единственное общее свойство для всего материального и нематериального во Вселенной. Именно оно заставляет конкурировать, ведь всякая жизнь неизбежно требует чьей-то смерти. Все многообразие стремлений существовать, разворачивающееся на разных плоскостях мироздания во времени и пространстве, порождает агрессивную среду абсолютного хаоса. Чтобы уцелеть в нём, силы разных уровней и порядков вынуждены бороться друг с другом, изменяться, эволюционировать...
Сущности низшего порядка, как правило, даже не подозревают о существовании высших. Они просто не способны состязаться с тем, что находится за горизонтом их восприятия. Однако иногда они сходятся на одном поле. Таким пересечением стало Великое слияние, начатое Кси. Для людей и других разумных рас Кси – пожиратель миров, безжалостная губительная стихия. Для самой Вселенной – движущая сила её воли, проявление стремления жить.
Но это стремление, которым Вселенная направляется в своих изменениях, несёт гибель сущностям низшего порядка. И они сопротивляются. Так вирус противостоит вакцине: он испытывает её действие, но не знает ничего о том, кто и зачем её создал. В плоскости вируса вакцина никогда не станет восприниматься как лекарство, а сам вирус никогда не осознает себя болезнетворной инфекцией. Для него вакцина – только смерть, против которой он будет бороться до конца в своём стремлении выжить.
И в прошлый раз вирусу это удалось – вакцина не выполнила своего предназначения. Вирус нашел способ противостоять ей в лице Собирателей, которые заметили «аномалию Земли» и использовали её против Кси, заперев его в недрах Утопии. Эту битву вирус выиграл, но война не закончилась. Теперь вирусу, объединившему в себе все разумные расы космоса, угрожает улучшенная версия вакцины – обновлённый Кси, которому больше не страшна земная флора. Он вновь начинает Великое слияние, в ходе которого намерен поглотить все галактики. Вселенная сделала себе инъекцию, с которой вирус пока не знает, как бороться. Грядет Последняя война – непостижимое противостояние, в котором столкнутся стремления жить самой Вселенной и заселивших ее «паразитов».